2008/2009 hatte er sich aus dem Vorstand und Tagesgeschäft des Ensembles zurückgezogen. Dennoch blieb er „seinem“ Kölner Kammerorchester bis zu seinem Tode – zuletzt auch beim Weihnachtskonzert im Dezember – aufmerksam verbunden. Im Herbst 2011 hatte er noch mit dem Ensemble eine CD mit Mozart Divertimenti eingespielt. Übernommen hatte Müller-Brühl die Leitung 1963. Durch Studien der Philosophie, katholischen Theologie sowie Kunst- und Musikwissenschaften hatte er sich theoretische Grundlagen für die Interpretation barocker und klassischer Musik erworben, die er durch frühe Dirigierpraxis und Violinkurse bei seinem Mentor Wolfgang Schneiderhan ergänzte. Unter dem Namen Capella Clementina ließ er sein Ensemble von 1976-1986 auf historischem Instrumentarium spielen, stellte aber später mit der von seinem Ensemble ab 1988 gehaltenen erfolgreichen Konzertreihe „Das Meisterwerk“ in der Kölner Philharmonie auf modernes Instrumentarium um.
Anlässlich des 200. Todestages von Joseph Haydn wurde Helmut Müller-Brühl von Papst Benedikt XVI. eingeladen, mit dem Kölner Kammerorchester und dem Kölner Domchor die Pfingstmesse 2009 im Petersdom in Rom musikalisch zu gestalten. Der Auferstehungsgottesdienst wird am Montag, dem 9. Januar 2012, um 11.30 Uhr in der Kirche St. Margareta in Brühl gefeiert. Die Beerdigung findet im Anschluss an die Messfeier auf dem Südfriedhof Brühl, Bonnstraße 134, statt.
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